حضرت آیت الله خامنه ای در پیامی به این همایش که توسط دکتر حداد عادل قرائت شد با اشاره به جهاد هوشمندانه، عمیق و متقن علمی استاد شهید مرتضی مطهری در مقابل تفکرات وارداتی غربی و شرقی و معرفی اسلام صحیح تاکید کردند: یکی از مسایلی که باید در این گردهمایی مورد توجه قرار گیرد، بررسی راههای تداوم حرکت عمیق و اصیل شهید مطهری برای برآورده کردن نیازهای فکری جدید و ورود به عرصه چالش با افکار وارداتی و نقادی علمی این افکار است.

متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:

                                                          بسم الله الرحمن الرحیم

در ابتدا از همه مسوولان و دست اندرکاران برگزاری این کنگره و از حضور همه علما، اساتید، محققان بویژه مهمانان خارجی که برای شرکت در این اجلاس از کشورهای مختلف به جمهوری اسلامی ایران تشریف آورده اند صمیمانه تشکر می کنم. بررسی اندیشه ها و آراء شهید آیت الله مطهری و تاثیر آن در شکل گیری مبانی فکری انقلاب اسلامی و تجلیل از شخصیت کم نظیر ایشان، هم مورد نیاز جوامع اسلامی و هم ادای بخشی از وظیفه حق شناسی نسبت به اندیشمندان و فرزانگان انقلاب اسلامی است.
به نظر می رسد محور اصلی در این گردهمایی باید تبیین شخصیت فکری و هویت روشنفکری شهید مطهری و نقش آن در جریان فکری و روشنفکری اسلامی معاصر باشد. درباره هویت فکری و روشنفکری شهید مطهری تاکنون تعریف جامعی ارایه نشده است.
ایشان با قوت فکری و اندیشه صائب خود در دهه های 50 - 1340 وارد میدان هایی شد که تا آن زمان هیچکس در زمینه مسائل اسلامی وارد آن نشده بود و با تفکرات وارداتی غربی و شرقی به چالش علمی عمیق، وسیع و تمام نشدنی پرداخت و در جبهه مقابله با مارکسیسم و تفکرات غربی و لیبرالیسم دست به یک جهاد هوشمندانه زد و با توان علمی و ایمان راسخ و اعتماد به نفس، موفقیت های بزرگی بدست آورد و با قدرت اجتهاد و انصاف و ادب علمی، روشی متقن و بدور از تحجر و التقاط برای معرفی اسلامی و مقابله با کج اندیشی و انحراف ایجاد کرد و پایه های افکار مورد نیاز  جامعه اسلامی و انقلابی را تاسیس نمود و نقش موثری بر جریان فکری اسلامی و شکل گیری نظام اسلامی بر جای گذاشت و بصورت سنگری امن برای جوانان طالب و علاقه مند فکر اسلامی در حوزه ها و دانشگاهها درآمد تا بتوانند زیر سایه این تفکر عمیق و مستحکم دین خود را حفظ کنند و دست آوردهای نوین فکری داشته باشند و از آن دفاع نمایند.
محور دیگری که پیشنهاد می کنم در این گردهمایی به آن توجه شود بررسی راههای تداوم این جریان عمیق و اصیل است. ما نمی توانیم در شهید مطهری متوقف شویم. هر چند پس از گذشت 25 سال از شهادت این مرد بزرگ ، کتابهای او جزو جذاب ترین و پرفروش ترین کتابها برای نسلهای جویای فکر متین و منطقی اسلام است و ما در حال حاضر بدیلی برای مجموعه کتابهای شهید مطهری نداریم  ولی نیازهای فکری روز به روز و نو به نو می شود و جریان ورود به چالش با افکار وارداتی و نقادی علمی و تفکیک صحیح از سقیم آن، از وظایف مهمی است که باید ادامه پیدا کند. و ما در دهه های آینده به مطهری ها نیاز مبرم داریم.
فکر اسلامی بویژه پس از انقلاب اسلامی مورد چالش جدی قرار گرفته و این روند ادامه خواهد یافت. ما باید خود را آماده کنیم و با توجه به سرمایه های عظیم فکری و فرهنگی ای که در اختیار ما است اگر از همه امکانات خوب استفاده کنیم در این مصاف پیروز خواهیم شد.
خوشبختانه در حوزه های علمیه و دانشگاهها، فضلا، علما، دانشمندان و افراد صالح و شایسته از نظر علمی و فکری وجود دارند و باید حضور خود را در این میدانها گسترش دهند و با امواج تبلیغاتی و شبهات جدید مقابله کنند و وظیفه خود را نسبت به اسلام ادا نمایند.
امیدوارم خداوند متعال همه شما را موفق بدارد و این گردهمایی بتواند زمینه های شناخت بیشتر اندیشه های شهید مطهری و راههای تداوم آنرا برای نسلهای آینده فراهم سازد.

برگرفته از سایت اطلاع رسانی مقام معظم رهبری